使用不当是造成耕整机发动机连杆严重变形的主要原因之一。如果操作耕整机时未按正确方式使用，如过度使用或使用时间过长，会导致发动机连杆承受过大负荷而引起变形。此外，未能及时保养和维护，导致零部件磨损严重或使用寿命过长，也会使连杆严重变形。
质量问题也是引起耕整机发动机连杆变形的重要原因。如果制造商使用劣质材料或工艺不过关，会导致连杆强度不足，难以承受发动机负荷而发生变形。组装工艺不当也会导致连杆与其他零部件连接不紧密，进而引起变形。
经常超负荷工作同样会导致耕整机发动机连杆变形。长时间高速运转或低速高扭矩工作会使连杆受到过大压力，容易发生变形。因此，操作耕整机时应合理安排工作强度和时间，避免长时间超负荷工作。
环境因素也会对耕整机发动机连杆产生影响。环境温度过高或过低都会对发动机工作产生不利影响，导致连杆变形。此外，未能及时清理机器周围杂物会使机器散热不良，引起连杆变形。