插秧机作业时，若机器存在故障或操作不当，可能导致插秧不准确或插入过深，从而造成缺株。例如，插秧机调整不当可能使插秧速度过快或过慢，影响插秧准确性。此外，机械故障如插秧刀不锋利或不适配，也会导致插秧失败或缺株。
土壤条件和栽培管理不善同样可能导致插秧后缺株增多。土壤质地不适宜或湿度过高、过低都会影响插秧生长和存活。松软度不足的土壤可能使插秧机插入后抖动，导致插秧不牢固，引发缺株。作业后土壤湿度过高或过低也会影响插秧根系扎根，导致缺株。
气候因素亦是影响插秧后缺株的重要原因。作业时遭遇暴雨或强风可能导致泥土被冲刷或倒塌，使插秧不牢固或被夹断，造成缺株。作业后遇到寒潮或高温干旱等极端气候，插秧生长受抑制或无法适应，同样会导致缺株。