两冲发动机和四冲发动机在工作原理、性能表现和适用领域上存在显著差异。
首先，两冲发动机每两个活塞行程完成一次工作循环，包括吸气、压缩、爆发、排气四个过程，而四冲发动机则需要四个活塞行程完成一次工作循环。两冲发动机的结构因此更为简单。
其次，四冲发动机由于有较多的活塞行程完成一次工作循环，每个活塞行程的运动更为充分，能更好地实现吸气、压缩、燃烧和排气等过程，从而提高燃烧效率，减少能量损失，提升发动机的功率和燃油经济性能。相比之下，两冲发动机的工作循环简化，燃烧效率较低，功率输出和燃油经济性能相对较差。
最后，四冲发动机因其燃烧效率和功率输出的优势，被广泛应用于汽车、摩托车、飞机等各种交通工具中。而两冲发动机由于结构简单、重量轻、体积小，适用于动力要求不高、体积限制较大的场合，如小型摩托车、发电机等。