秸秆捡拾打捆机捡拾不干净的原因之一是机器本身的问题。不同设计和制造的机型可能无法完全适应各类秸秆，如适合麦秆的机器可能不适用于玉米秸秆。主要原因可能是捡拾器设计不合理，不能完全捡拾秸秆或及时清除散落的秸秆。同时，机器的工作状态也影响捡拾效果，例如速度过快无法充分捡拾，或振动力不足无法彻底撤离秸秆。
捡拾不干净的原因也可能与秸秆本身的特点有关。秸秆在自然界中会变质、腐烂，导致质量下降，增加捡拾难度。秸秆与泥土、杂草等杂质混合，使捡拾过程更为复杂。捡拾装置难以区分杂质和秸秆，可能导致一些杂质被误作秸秆而未被清除。
此外，人为操作不当也是导致捡拾不干净的原因之一。操作人员需要具备相应的技能和经验。如操作速度过快或不够灵活，会影响捡拾效果。同时，及时清理秸秆容器和排渣装置以保持机器正常工作也是必要的。如果维护不到位，也会影响捡拾效果。