黑木耳的病害主要有干燥病、根腐病、白粉病等。干燥病是由于环境温度过高或空气湿度过低引起的，可通过适当降温或增加湿度来防治；根腐病则是由于土壤过湿或氧气不足造成，可通过加强通风或改善土壤排水性来预防；白粉病主要是由于空气湿度过高引起的，可通过减少湿度或喷洒药物来治疗。
除了病害之外，黑木耳还容易受到蚜虫、螨虫、蜘蛛等害虫的侵袭。蚜虫主要通过吸食黑木耳的汁液来生长，可通过喷洒杀虫剂或增加通风来防治；螨虫则主要是通过在黑木耳表面繁殖，可通过喷洒杀虫剂或增加通风来治疗；蜘蛛则是通过在黑木耳表面结网，可通过手动清除或喷洒药物来防治。
