一、病菌种类不同
马铃薯早疫病和晚疫病是两种不同的病菌引起的。早疫病是由病菌“疫霉菌”引起的，而晚疫病则是由“晚疫病菌”引起的。这两种病菌在形态上有很大的差异，可以通过显微镜等工具进行观察。
二、感染时间不同
早疫病和晚疫病的感染时间也不同。早疫病主要在植株生长初期发生，一般在5月至6月之间，而且喜欢湿润的环境。晚疫病则在植株生长中期和后期发生，一般在7月至10月之间，而且喜欢高湿的环境。
三、症状表现不同
早疫病和晚疫病的症状表现也有所不同。早疫病的症状主要表现为叶子上出现圆形或不规则形状的浅褐色斑点，边缘呈现暗色，叶片逐渐枯黄干枯。晚疫病的症状则是叶子上出现黑色或棕色的斑块，有时还会有白色霉层，叶片也会逐渐萎缩变黄。
四、危害程度不同
早疫病和晚疫病的危害程度也有所不同。早疫病的危害程度较轻，只会影响到马铃薯的叶子，不会对地下块茎造成太大的影响。而晚疫病的危害程度较为严重，不仅会影响到马铃薯的叶子，还会导致地下块茎受损，严重的会导致马铃薯减产甚至死亡。