一、叶片
水稻黑条矮缩病主要为害水稻的叶片部位，它会引起水稻叶片的变黄、变瘦、变窄等症状。同时，病叶上常常会出现一些小斑点和黑色横带，这就是黑条病毒的特征之一。当病情加重时，叶片会逐渐枯黄甚至落叶，导致水稻的光合作用受到严重影响，从而严重影响水稻的生长和产量。
二、根系
水稻黑条矮缩病还会对水稻的根系造成损害。病毒会导致水稻根系的生长受到限制，从而影响根系的吸收和供水作用，造成水稻的营养不良和缺水等问题。
三、花穗
水稻黑条矮缩病还会影响水稻的花穗，从而影响水稻的开花和结实。病毒会导致花穗的形态畸形、花器官变异，甚至导致花穗的减产甚至不结实。这对于水稻的产量和品质都带来了巨大的影响。
