主要是由腐霉菌、绵疫菌、镰刀菌和丝核菌等多种侵染引起的，上述能在土壤中长期营腐生生活，无论湿育秧、旱育秧，当水稻秧苗遇低温阴雨天生长减弱时，秧苗抗性降低，病菌容易乘虚而入，造成根系功能降低，持续低温或阴冷后骤晴，容易出现大片枯死。
提高育苗技术，改善环境条件，加强苗床管理，增强幼苗抗病能力至关重要，同时还要适时开展药剂防治。
旱育秧立枯病、纹枯病等病的防治方法：
一是在2-3叶时适时浇施清粪水灌浆，目的是补足幼苗所需水分，同时降解绵霉菌、立枯丝核菌发生。
二是药剂防治，可选用带活性因子的植物调节剂，如护苗神1000倍液、95%恶苗灵3500倍液、天然诱抗素600-800倍液叶面喷施，可有效保障幼苗和植株健康生长发育，明显提高幼苗抗病、抗寒、抗旱、抗涝、抗逆、抗自然灾害能力。
