马铃薯疮痂病一般发生在碱性土壤上。沙壤土，连作4年以上的地块发病尤为严重。防治马铃薯疮痂病多数采取喷施农用链霉素、新植霉素、春雷霉素、可杀得（氢氧化铜）等药剂，这些药剂对病菌有一定的杀灭作用，但从防治效果看并不理想。
近几年，通过田间试验，采取在冬季深翻土地的办法，取得了较好的防治效果。
马铃薯疮痂病病原称疮痂链霉菌，属放线菌。病菌在土壤中腐生或在病薯上越冬。适宜该病发生的温度为25℃-30℃。采取冬季深翻土壤的办法，破坏病菌滋生的环境，具体做法是：抓住当前冬季土壤闲置的时间，用深耕犁进行土壤深翻，最好耕地深度达到35-40厘米，深翻后整个冬季不要耙平，让土壤进行长期裸露冻晒，这样经过一个冬季，基本上可以杀灭土壤中的病菌。直到来年种植前10天再进行一次性旋耕耙平。
另外，偏碱性土壤容易发生马铃薯疮痂病，pH值在5.2以下很少发病。而马铃薯适宜生长的pH值为5.5-7.0。根据这个特点，可以结合冬季深翻土地每亩撒施石膏粉50千克。石膏粉能够改良土壤，调节土壤酸碱度，适用于盐碱地、红土地等土壤的改良。
除此之外，在选择马铃薯品种时还应选用无病种薯，不要从病区调种。播前用40％福尔马林120倍液浸种4分钟。在施肥上注意多施有机肥或绿肥，注意不要使用未经腐熟的人畜粪。种植马铃薯的地块宜选择保水好的菜地种植，结薯期遇干旱应及时浇水，做到旱能浇，涝能排。只要做到以上几点即可减少疮痂病的发生。
