防治马铃薯种薯退化有以下几条措施：一是利用茎尖脱毒生产无病毒种薯；二是建立良种繁育体系，源源不断地生产优质脱毒种薯满足大田生产；三是因地制宜采用避蚜留种技术；四是利用实生种子生产种薯。
马铃薯经脱毒只是把病毒去掉，并不能使马铃薯对病毒产生抗病作用或免疫。脱毒苗或脱毒薯在繁殖过程中，如不采取防病措施，仍会遭受病毒侵染，再次发生病毒性退化。因此，为使脱毒种薯在大田应用前不被病毒侵染，延长脱毒薯使用年限，必须建立完整的良种繁育体系，有层次地、源源不断地生产脱毒种薯，确保生产用种的质量，才能达到连年高产稳产的效果。建立良种繁育体系需从原原种生产开始，以至大量生产一、二级原种和一、二级良种。