在种植菇类时，也难免出现病虫害的问题，比如发菌时有可能会遇到杂菌污染的问题，所以平时的工作就应该以防为主，防治并重的病虫害防治原则，避免出现很多不必要的问题。
在食用菌生产中，除制种阶段外，首当其冲的就是菌袋发菌期间的污染预防问题，一般应采取以下措施：
，调配基料营养的全面均衡，为食用菌菌丝提供丰富的营养基础，确保其营养平衡、健壮有力；建议使用三维精素调配基料。
第二，彻底清理菇棚外的环境，并喷施赛百09及多菌灵等，以杀灭或抑制杂菌。第三，提前处理菇棚（发菌场所），根据环境以及菇棚上批栽培的发病等情况，一般可使用300倍百病傻和200倍赛百09各喷施一遍，并予晒棚处理。
第四，平时就应该对于发菌场所实行保温控湿的措施，这样能够保障菌丝的正常健康发展。
第五，发菌期间，每3~7天喷洒一遍杀菌，使用百病傻和赛百09进行喷施要交替着进行，这样可以有效地防止杂菌出现耐药性而继续生存。在此同时还要间隔喷施氯氰菊酯类，能够预防害虫的传播。
第六，发现污染菌袋，随即剔出棚外，进行单独处理，勿使继续滞留棚内造成蔓延。
