番茄植株生长发育快、分枝力强、茎叶繁茂、易落花落果，在生产上常采用整枝的方法达到早熟和高产的目的。
（一）单干整枝
这种方法一般适用于大型果西红柿。单干整枝就是每株只留一个主干，把所有的侧枝都陆续摘除。一般每株留5-7穗果时摘心（即打头）。摘心时，一般在最后一穗果上部留下2、3片叶，否则会严重影响最上部这穗果的正常生长，甚至会造成落花落果。
（二）双干整枝
这种方法多用于樱桃西红柿品种。双干整枝是在单干整枝的基础上，又另选一个侧枝作为第二主干（结果枝）。或者在幼苗期将主干摘心，再同时选取两个侧枝作为两个主干，其它管理与单干整枝一样。
（三）连续单干整枝
这种方法用于半停心性西红柿品种。连续单干整枝是把第一花穗下第一侧枝及以下所有侧枝全部摘除，留植株在封顶的最上位侧枝代替主干继续向上延伸。当此侧枝又出现封顶时，在此侧枝上选最上位侧芽代替侧枝继续向上延伸，如此反复达到要求高度，或留够所要求的花穗数。采用单干连续整枝时，首先要保证肥水充足，必须注意上部侧枝的选留和培养，防止造成下部的都打去了，而上部的最终培养不出。
西红柿地上部和根系有着相互促进的关系。过早整枝会影响根系生长。因此打杈不可过早，第一花穗下部的腋芽应在腋芽长至3厘米长时进行。整枝、打杈应在晴天上午10时至下午3时进行，这时温度高，伤口易愈合。在整枝时，对有病毒症状的植株应单独进行，避免人为传播疾病。
