1、选用优良耐病品种选用株型紧凑、尖叶或叶片上举、通风透光性能好的耐病品种，且种子播种前要过筛，清除混在种子中的菌核。
2、合理轮作倒茬大豆与禾本科作物轮作倒茬三年以上，减少田间菌核的积累。
3、加强田间管理及时排水，降低豆田湿度，防止积水传播病菌；避免氮肥施用过多；收获后清除病残体，减少菌源。并在园地全面喷施护树大将军消毒杀菌，减少病菌滋生。
4、药剂防治大豆开花期是菌核病的防治最佳期。选用咪鲜胺类（如多菌灵、甲基托布津、使百功等）、或嘧菌酯类杀菌剂（按推荐剂量使用）+芸苔素内酯（10-15ml/亩）或磷酸二氢钾（2-3两/亩）等优质叶面肥混合均匀喷雾，7~10天防治1次，连防1-2次，具有较好的防治增产效果。
