蔬菜换茬期，底施有机肥腐熟不好造成蔬菜受害的问题为常见，尤其是春茬蔬菜定植期，棚内温度低，通风少，气害容易发生，因此施用的有机肥必须彻底腐熟。底施鸡粪、猪粪时，要注意查看粪肥的外观颜色和气味，黄褐色且有明显臭味的为未腐熟的鸡粪，要避免施用，以深褐色、无臭且略带腥味为完全腐熟的标志。
除了腐熟有机肥外，还要配合生物菌肥和中微量元素肥。生物菌肥含有大量有益菌，可提高地温，刺激作物生根，同时以菌抑菌，减少病害发生，是深冬期换茬的必选肥料。同时应向土壤中补充硼、镁、锌、铁、钙等中微量元素，平衡土壤养分。
蔬菜拔园后，不少菜农为赶茬口，使下茬蔬菜提早上市，未对土壤进行深翻、就仓促定植，这样做弊大于利。不深翻土壤会导致土壤板结严重，透气性差，植株生长不良，产量低，品质差。因此，拔园后深翻土壤这一步切不可省略。
要求对棚田进行翻耕，而不是仅对种植行进行翻耕，因为蔬菜在扎根时是向四面八方伸展的，操作行经长期踩踏已经十分硬实，不利于根系的扩展。使用旋耕机翻地，虽然比较省时省力，但翻土深度只有15厘米左右，不利于蔬菜根系深扎。用犁等进行深翻，将耕作层的深度会增加到25厘米左右，利于蔬菜根系下扎。
土壤深翻后也要进行土壤，记者建议：菜农可施用50%敌磺钠（也称敌克松）每亩地10-14斤，通过深翻施入整个耕作层，此法可杀灭土壤中的残留病菌，抑制蔬菜死棵发生。深翻做畦后，菜农还要使用40%菌核净800倍液等进行全棚喷洒，能有效杀灭残存在土壤表层的病菌，减少下茬蔬菜病害发生。
