小麦锈菌的冬孢子一般不起作用，主要以夏孢子或菌丝体在小麦上越夏，越冬。三种锈菌夏孢子耐高温和耐低温的能力不同，因此越夏，越冬的地区也不同。叶锈病菌的夏孢子比秆锈病菌耐低温，比条锈病菌耐高温，即在适宜范围内，能耐高温，又耐低温，因此在广大冬麦区可随自生麦苗越夏，并能就近侵染秋苗。经越冬后，来年气温回升，越冬菌源继续产生夏孢子堆传播为害。
秆锈病菌的夏孢子对高温和低温都很敏感，在南方不易越夏，在北方不易过冬，因此秆锈病菌是以夏孢子传到晚熟春麦和自生苗上越夏，到秋季传到冬麦区，浸染麦苗，越冬后，春季又逐步传到春麦区。
