防治小麦赤霉病首先要注意深耕，消灭小麦、玉米秸秆和稻茬，减少菌原。其次是选用抗耐避病品种，种植抽穗整齐、花药残留期短、灌浆速度快的品种。另外，追肥不能过晚，保证小麦发育整齐，不贪青晚熟，也会减少病菌侵染机会。
喷洒药剂是防治赤霉病的必要措施。最好在小麦始花期（扬花10%～20％）进行。根据当地气候变化和小麦开花期整齐程度可能间隔7天再防治一次。
防治药剂可以选择25%戊唑醇（又名立克秀）乳油2500倍液、50%咪鲜胺锰盐、50%咪鲜胺锰络合物（又名施保功）1000~2000倍液、25%氰烯菌酯悬浮剂每亩100~200克或使用它们的复配剂，如63.5%咪鲜胺锰盐•多菌灵可湿性粉每亩22~24克。
