防治策略是以药剂防治为主，辅以农业防治等其他防治措施。1加强栽培管理，注意果园卫生合理施肥，增强树势，提高抗病力；合理修剪，特别是于7月份及时剪除徒长枝及病梢，改善通风透光条件；合理灌溉，低洼地、水位高的果园要注意排水，降低果园湿度，秋末冬初剪除病枝，清除残枝落叶，集中烧毁，以减少初侵染源。2选用抗病品种根据生产需要，尽可能种植抗病品种，减少易感品种的种植面积，控制病害大发生。3药剂防治在果树发芽前结合防治腐烂病、轮纹病，全树喷布波美5度的石硫合剂对越冬病菌有铲除作用。于新梢迅速生长季节可喷施50%异菌脲、70%安泰生等杀菌剂。重点保护春梢，压低后期菌源。一般在春梢叶片病叶率达10%～20%时，重点喷洒高效农药2次，7～8月秋梢生长初期再喷药1次。用药时，可混合甲基硫菌灵等药剂，将苹果斑点落叶病的防治与轮纹病、炭疽病的防治结合起来。
4、生物防治目前已有人将芽孢杆菌用于苹果斑点落叶病的防治；也有人把沤肥浸渍液用于该病的先期预防，均取得了较好的效果。
