辣椒根腐病病菌以菌丝体和厚垣孢子在发病组织或遗落土中的病残体上越冬，病菌的厚垣孢子可在土中存活5～6年甚至更长。翌年产生分生孢子，借雨水溅射传播，从伤口侵入致病，发病部位不断产生分生孢子进行再侵染。症状：辣椒根腐病有多种表现症状，但通常病部仅局限于根部和茎基部。植株发育不良，较矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。病株茎基部及根部皮层变为褐色至深褐色，呈湿腐状。防治方法
农业措施：1、选用抗病品种；2、施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术。3、与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。4、选用无病种子，从无病果实上采种。如种子带菌，应对种子进行处理。5、采取高畦（垄）栽培。避免大水漫灌，雨后及时排水，防止田间积水。灌水和雨后及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育。
药剂防治：发病初期喷洒或浇灌50％甲基硫菌灵•硫磺悬乳剂800倍液，或50％根腐灵可湿性粉剂800倍液，或50％杀菌王水溶性粉剂1000倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％地灵可湿性粉剂800倍液，或50％甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或10％双效灵水剂200～300倍液，或75％敌克松可湿性粉剂800倍液，或40％混杀硫胶悬剂500倍液，每667平方米喷药液50升，隔10天左右1次，连续2～3次。采果前3天停止用药。
