生物有机肥的不同寻常的功能主要依靠具有特殊功能微生物菌种的“特殊功能”来实现的，而该种特殊作用的主要表现在如下几个方面：
一、促使农作物健康生长。
主要是通过功能菌在农作物的根部生活并发挥功能。这种能力主要是经过功能菌产生促使作物生长的物质所体现的，不同于和生物有机肥料中增添激素的作用。
二、增强作物的防病抗病性能，也就是生物防治效益。
该种菌种的作用于病原菌的方式通常有三类：1、拮抗作用。产生拮抗物质直接控制病原菌的成长。2、竞争作用。从营养元素吸收利用等方面来控制病原菌生长，通常情况下这种菌种生长的速度非常快。3、寄生作用。主要以病原菌为寄生，直接寄生到病原菌身上造成病原死亡。
三、提升肥料利用率。
在当前市场上生物有机肥被宣传得比较多，主要有固氮、解钾、活磷等作用。固氮能力主要有三种：1、共生固氮。以根瘤菌为主要，菌种寄主具有专一性，固氮能力非常强，通常在豆科植物上共生固氮。但是因为该类菌种都是为革兰氏阴性细菌，对保存非常不理，作为产品进行货架销售非常困难，因为通常是拿到菌种即拌种使用。2、自生固氮作用。菌种在农田里德表现为不固氮或者固氮能力比较小。3、联合固氮。菌种相对来说专一，能力比较强，但是当前研究以及推广使用的比较少，所以，必须谨防产品包装上对于固氮作用的夸大。
