棉花从出苗到现蕾为苗期。历时40～45天（也就是4月下旬至6月上中旬）。
由于苗期是以生长为主，即长根、茎、叶为主的时期，棉花长势比较弱，抗逆能力差，且棉花苗期常伴有低温、干旱、病虫害等自然灾害，如管理不慎，容易导致棉田缺苗断茎，影响棉花的壮苗早发。所以棉花苗期应分类采取相应措施，即要预防低温冻害，又要防止高温烧苗，加强管理，及早查苗、补苗，千方百计保全苗、育壮苗促早发，为夺取全年棉花生产奠定丰产基础。
苗期管理的目标是加强管理，在确保全苗的基础上，狠抓早管，注意改善生长发育环境，促使根系发达，达到壮苗早发。主要应做好以下五方面工作：
1、播后及时查苗，发现烂芽、烂籽，应及时补种。
2、适时间苗、定苗，育壮苗。棉苗出齐后，应及时进行疏苗、间苗，防止棉苗拥挤，造成苗欺苗。间苗可分两次进行，第一次在齐苗后，留壮苗，拔弱苗、病苗。第二次在１～２片真叶时进行。定苗在三叶期，此时茎秆基部已木质化，抵抗不良环境能力增强。根据品种特性和水肥条件确定留苗密度（一般情况下每亩留苗旱地瘠薄地3000—4000株，中等肥力2500—2800株，间套棉田2000株以上，松散形大株型品种棉花要稀植，紧凑形小株型品种可稍微密植）确定株距进行定苗。定苗原则是：留壮去弱、留大去小、去病、去弱，个别缺苗处留双苗。
3、中耕松土，增温保墒。苗期中耕不仅能破除板结，清除杂草，减少蒸发与病虫危害，促进棉苗根系发育，达到壮苗，促使早发。一般苗期应结合天气情况中耕2--3次，第一次在子叶期，结合间苗。早中耕可提高苗根周围地温，促进根系早发并增加吸收能力，使真叶早出，增强幼苗抗逆性。这次中耕深度４～５厘米。第2-3次中耕时已进入６月份，气温上升，根系已较强大，地上部分生长加快，深中耕可散表墒，促根下扎，并控制节间，在较肥的棉田更显重要，中耕深度5—10㎝。天旱时应浅锄保墒，天雨较多时，应深锄放墒增温。
4、追肥、灌水。棉花苗期一般不需追肥灌水。但对底肥不足或地力本身瘠薄，棉苗长势差，明显脱肥的田块，可在雨后或灌水前每亩追施尿素6—10斤。凡是补种补栽的棉苗，要肥水给予补充，促小苗赶大苗，促弱苗转壮苗。浇水要小水轻浇，采用隔行沟灌为好，浇后要及时中耕保墒。
瓜棉套种的田块，应在西瓜收获后，及时清理瓜蔓中耕灭茬，施肥灌水，适时适量进行化学调控，防治病虫害，育壮苗促早发。
5、适时防治病虫害。
苗期棉花主要病虫害是：杂草、棉花枯黄萎病、棉苗病、棉苗蚜、棉盲蝽象、棉铃虫、棉红蜘蛛等。
1、杂草可用10.8％盖草能30ml／亩，或6.9％威霸50ml／亩喷雾，或5％精克草能25ml／亩加水50kg均匀喷洒
2、苗病中耕松土，棉苗出土后遇雨要及时松土，破除板结，提高地温，减轻苗病的发生。发病初期，建议使用50%多菌灵。福美双可湿性粉剂，或70%代森锰锌可湿性粉剂，或70%甲基托布津可湿性粉剂等药剂800-1000倍液根茎部喷雾。防治苗期枯萎病可用20%乙酸铜稀释到800-1000倍灌根2次，间隔4天。
3、苗蚜、红蜘蛛、棉盲蝽
（1）农业措施间苗、定苗时，拔出病苗、虫苗，并将其带出田外集中处理，可推迟防治时期，
（2）药剂防治
当达到防治指标时选择具有触杀和内吸作用强的杀虫剂进行防治。棉蚜防治指标：棉苗三片真叶前卷叶株率达10％，或4片真叶后卷叶株率达20％时；棉红蜘蛛防治指标：单株虫量20头，棉盲蝽象防治指标：百株虫量10头。
建议使用20％吡虫啉可溶性液剂或36%啶虫咪4000-5000倍液喷雾防治棉苗蚜，同时可兼治红蜘蛛和盲蝽象。
4、地老虎当定苗前被害株达10％，定苗后被害株达5％时，幼虫3龄前，每亩用5％毒死蜱颗粒剂3kg，加适量细沙土混合均匀，撒于棉苗根基处或用50％辛硫磷1kg拌细砂土100kg，每亩撒毒土5－7kg防治；；如地老虎超过3龄，用90％晶体敌百虫1kg加麦麸或饼类100kg制成毒饵防治，每亩撒施2－3kg。
管理目标：以苗齐、苗全、苗壮无病虫害为主要目标。
雨后做好破板结工作，根据棉花出土情况选择机械操作或者滴水等两种方式，及时中耕。
第一次使用缩节胺显行，两片子叶展平，出苗50-60%，（大概是5月5日左右）缩节胺1.5-2g/亩加（吡虫啉或氧化乐果、啶虫脒）来防治棉蓟马和蚜虫（棉蓟马在这个时期主要取食棉苗的生长点，造成无头棉或多头棉也就是大家所谓的公棉花）；
第二次缩节安使用时间两叶一心，与上次相距10-12天，亩用缩节安1-1.5g叶面喷施禾丰锌，这个时期主要防治蚜虫、红蜘蛛，配上阿维菌素用来杀死红蜘蛛，地边用三氯杀螨醇进行封锁地边，（红蜘蛛的卵一般都在草根、树根、地面，近几年在地里的棉秆上也发现有越冬虫卵）
第三次缩节安使用时间五-六叶期，与上次相距10天，亩用缩节安1-1.5g叶面喷施禾丰锌、锰，机采棉可以根据实际情况选择不打，这个时期主要防治蚜虫、红蜘蛛，棉铃虫（越冬蛾子产卵时间一般在5月25日-6月10日，与每年的天气等因素相差几天，在打药时配上BT苏云金杆菌或NPV核多角体病毒防治棉铃虫）
