棉花从出苗到现蕾的一段时间为苗期，大约经历40-45天。此期由于气温仍然较低，幼苗嫩小，抗病力弱，极易受病虫危害造成缺苗断垄，或使棉花生长受阻，影响壮苗早发，应注意及时防治。
病害
病害主要有立枯病、炭疽病、棉疫病等。棉苗出土后要早中耕、勤中耕，以提高地温，疏松土壤，促进根系、植株生长发育，减轻苗病的发生。立枯病、炭疽病发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500~800倍液，或18%松脂酸铜乳油700倍液，或75%甲基硫菌灵可湿性粉剂800-1000倍液喷雾防治，每7天一次，连续防治2~3次。棉疫病发生初期可用58%甲霜·锰锌可湿性粉剂或70%代森锰锌可湿性粉剂600-800倍液喷雾防治，每5天一次，连续防治3-4次。
害虫
害虫主要有小地老虎、棉蚜、棉叶螨、棉盲蝽、蓟马等。防治小地老虎，可用40%辛硫磷乳油500-800倍液灌根，或结合浇水每亩用3%辛硫磷颗粒剂2～3公斤拌细土20公斤撒施。棉花苗蚜危害重，棉苗3叶期前卷叶率达10%、4叶期后卷叶率达20%时需立即用药防治，可选用1O%吡虫啉可湿性粉剂2000倍液或3%啶虫脒可湿性粉剂3500~4000倍液加适量有机硅助剂喷雾。防治棉叶螨，可选用1.8%阿维菌素乳油或20%哒螨灵乳油2000倍液加适量有机硅助剂喷雾。棉盲蝽危害重的田块，可每亩用1%甲氨基阿维菌素苯甲酸盐乳油50毫升，或4.5%高效氯氰菊酯乳油40毫升加40%毒死蜱乳油60毫升，加适量有机硅助剂喷雾。棉花播种前用辛硫磷拌种可以预防苗期蓟马，定苗后百株有虫15~30头或3片真叶前百株有虫1O头、4片真叶后百株有虫20~30头时，可选用40%辛硫磷乳油1500倍液，或25%吡蚜酮可湿性粉剂1500倍液，或1.8%阿维菌素乳油2000~4000倍液，或70%吡虫啉可湿性粉剂1500～2000倍液喷雾防治。
