设施蔬菜生产由于棚室内小气候环境特殊，有害生物周年存活，病害的发生和流行相对频繁。以土壤返盐、土传病害为主要表现形式的连作障碍问题也日益突出。在病虫防治中要以农业技术措施为基础，优先选用物理和生物防治，充分发挥化学防治的优点，克服其带来的污染、残留问题，做到安全、有效防控。
（1）农业防治和生态调控。切实抓好各项有利于控制或减轻病虫害发生的农艺、生态调控措施，主要推广合理轮作、高温闷棚、棚室温湿度调控等技术。高温闷棚：利用季节性换茬时选晴天对大棚进行高温闷棚5～7天，预防根结线虫病、疫病及菌核病等。大棚温湿度调控：针对春冬季大棚，主要防治灰霉病等高湿性病害。气温回升后，通过调节通风，控制棚内温、湿度，预防白粉病、黄瓜霜霉病、细菌性角斑病、蕃茄早疫、晚疫和叶霉病等的发生。
（2）物理防治。利用害虫的的趋避性防治虫害，推广银灰色膜避蚜，黄板诱杀等物理手段。设施栽培中除休闲季节外，设置黄板，诱杀烟粉虱和蚜虫等。充分利用设施封闭的栽培条件，在通风口或门窗处使用防虫网等设施防止露地害虫的侵入。在棚室通风处悬挂银灰色的薄膜条，驱避蚜虫、烟粉虱等，减轻蔬菜病毒病的发生。
（3）生物防治。大力推广使用生物农药，示范应用植物源农药、微生物源或农用抗生素防治蔬菜病虫，如利用印楝素防治蔬菜小菜蛾和菜青虫，利用苦参碱防治多种害虫等；示范应用释放天敌及其自然促增技术，提高自然控害能力。
（4）采取安全有效的化学防治手段，减轻病虫害发生。抓住重点环节进行喷药防治。设施蔬菜生产主要环节是早春保护地和秋后栽培。设施栽培具有面积小、相对封闭等特点，喷药时要均匀周到，做到防治彻底，减少露地蔬菜病害的初侵染源和虫口基数。
抓住有效时机进行喷药防治。设施栽培病虫害发生早，蔓延速度快，应以预防为主，发现中心病(虫)株立即施药。如黄瓜霜霉病，中心病株出现到设施内叶片变黄不到一周时间，如不能及时控制病害，常会错过防治时机。
采取适宜的方法进行防治。阴雨天保护地由于其密闭性，喷药容易加大棚内湿度，从而起不到理想的防病效果，应使用烟剂或粉尘剂防治蔬菜病虫害。晴好天气可选择喷雾防治。
使用安全有效的药剂进行防治。在进行化学防治时，必须正确诊断各种病虫害，加强病虫害的预测、预报，对症选择高效、低毒、低残留及对天敌杀伤力小的农药，禁止使用高毒、高残留、高生物富集性农药及其混配农药，合理轮换用药。正确使用植物激素和植物生长调节剂，确保设施无公害蔬菜的生产。
