选用优质品种养殖稻田水稻无公害生产，首先选用优质水稻品种，同时要求水稻达到以下要求：一是抗倒性强。二是抽穗期能避开三代二化螟危害，要求在安全齐穗的前提下，能在8月25日前或9月5日后抽穗。三是成熟期10月18日前后（水产品捕捞期在10月15-20日）。在阜宁等地，适宜的品种有杂交中籼稻和武育粳3号、镇稻88、武运粳7号、武运粳8号等粳稻品种。
适期早播早栽将落谷时间前移到4月25日前后，并采用肥床旱育秧技术。秧田期控制在30天左右，力争水稻栽后至养殖田提水前有较长的发苗期。采取“稀行、大棵”种植，通过扩大行距，降低栽插密度来增加鱼、虾、蟹的活动空间；通过适当增加栽插本数，获得足够的基本茎蘖苗。适宜的栽插密度为每亩1.2-1.3万穴，每亩基本茎蘖苗控制在6.5万左右。
科学合理施肥多施腐熟有机肥，少施化学肥料，尤其要控制水稻中后期化学肥料的投入。氮磷钾肥平衡施用，氮肥不使用碳酸氢铵，全部使用优质尿素；磷肥使用优质过磷酸钙；钾肥选用生物钾肥。前期施肥量占60%。中后期肥料以追施穗肥为主，促花肥在余叶3.5-3叶的施用，余叶1.5-1叶时施保花肥。后期缺肥的田块适当根外追肥。禁止使用各种重金属含量超标的肥料，推广使用包裹型无污染长效缓释复合肥。
调水促控分蘖田间水位的调节，要兼顾种养关系。水稻移栽后至够苗期建立浅水层，促进分蘖，平抑中期群体。6月20日后逐步提高水位，以不淹没成长茎蘖的倒二叶叶鞘为度；中后期，田间沟内水位保持30-35厘米，并持续至水产品捕捞基本结束。水稻成熟前7-10天退水晒田。
安全综防病虫病虫草害防治以农业生态综合防治为主。农药选用高效、低毒、低残留品种，禁用养殖品种敏感的药种。秧苗在移栽前一星期重点防治好病虫，做到带药下田。在水稻生长中后期，如必须使用农药，应选准适期，集中一次用药，提倡细喷雾或超微量施药，以提高防效，防止对水产品造成药害。在收获前30天禁用有机磷农药。
