水稻立枯病在发芽或刚出土时发生，幼苗的幼芽或幼根会变为褐色，会扭曲、腐烂而死，在种子或芽基部会生有霉层。
幼苗立针期到2叶期会出现叶片枯黄、不展开，基部变褐，叶鞘上生有褐斑，病根也逐渐变为黄褐色，茎基软弱，易折断等症状。
