马铃薯收获以后，仍然是一个活动的有机体，在贮藏、运输、销售过程中，仍进行着新陈代谢。这是影响马铃薯贮藏和新鲜度的主要因素。马铃薯的块茎收获以后，休眠与萌发过程分为三个阶级。第一个阶级称薯块成熟期，即贮藏早期。表现为薯块表皮尚未完全木栓化，块薯内的水分迅速向外蒸发，由于呼吸作用旺盛和水分蒸发显著增多，使薯块重量显著减少，加以温度较高，容量积聚水汽而引起薯块的腐烂。当约经20-35天的后熟作用，使表皮充分木栓化，随着蒸发强度和呼吸强度的逐渐减弱，而转入休眠状态。第二阶级，称为薯块静止期，或深休眠期，即贮藏中期。在这一时期，薯块呼吸作用减慢，养分消耗减低到最低程度。如果在适宜的低温条件下，可使薯块的休眠期保持较长的时间，一般可达两个月左右，最长可达4个多月。如控制好温度，可以按需要促进其迅速通过休眠期，也可延长被迫休眠。第三阶级，为休眠后期，也称萌芽期，即晚期。此时马铃薯的休眠终止，呼吸作用又转旺盛；同时由于呼吸产生热量的积聚而使贮藏温度升高，促使薯块迅速发芽。此时，薯块重量减轻程度与萌芽程度成正比。期间如能保持一定的低温条件，并加强贮藏所通风，使包装内的O2和2浓度保持在一定范围，可使块茎处于被迫休眠状态而延迟萌芽，这对增加马铃薯的保鲜贮藏期十分重要。因为发芽会使马铃薯块组织中所含的大量淀粉转化和造成外观萎蔫，同时马铃薯发芽部位产生有毒物质，造成销售、加工的损失，甚至完全失去食用价值。
马铃薯贮藏中常见病害生理性病害与传染病害。生理性病害由于薯块呼吸作用和物质代谢紊乱引起。最主要的为马铃薯黑病。此病症状是：薯块肉质部分逐渐变黑，最终布满黑色斑点。原因是贮藏环境中氧气不足，导致透入组织的氧气不足而积累了二氧化碳气体，因之薯块因酪氨酸酶活性增强，使酪氨酸酶转变成黑素而变黑。薯块发芽时气温较高，过度干燥，在运输、贮藏过程中造成损伤、受重压，都会出现薯块变黑现象。
传染性病害是马铃薯贮藏中最主要的病害。主要有环腐病和干腐病两种。前者是薯块受环腐的细菌侵染后，并发展蔓延。症状是外皮上显现凹入的综色斑点，而后再透入块基的组织，严重时会扩展到薯块内部，在湿热的贮藏环境中是最易发此疫病。该病菌发育的最适温度为20-30°C，病菌多从伤口侵入，不能从自然孔道侵染。故在贮藏中要免致受伤，并保持较低温度，即可减少染病机会。马铃薯感染了环腐病，块基组织变成淡色，产生难闻气体与粘液。接着逐渐全薯软腐产生大量粘液。此病在久雨潮湿时尤多。如不采取防范措施，最终将导致全部腐烂。后者干腐病，又名镰刀菌病。症状是出现带白色、粉红色、灰青色以及其他颜色的霉菌附着的棕色茎块，组织发黑并变成孔状，内部变空，结果使整个薯块肉质枯干。
现将马铃薯的几个重要的生理生化特征参数介绍于下：（1）0-2°时的呼吸强度1.7-8.4Comg/kg·小时；（2）呼吸量的温度系数（表示温度每上升10°C，呼吸量增加的倍数）为0.5-10°C是2.1，10-24°C是2.2。经过专家的多年的研究和实践，认为马铃薯的保鲜包装条件为：晚熟品种，贮藏温度为3-10°C，相对湿度为85-90%，贮藏期为6-8个月。早熟品种，贮藏温度为10-13°C，相对湿度为85-90%，贮藏期6-8个月。另外，包装内氧气的残留量不能少于10%，也不能让水汽在马铃薯表面凝结成水珠。
现在世界上马铃薯保鲜包装技术主要有日本的脱水保鲜包装技术和美国的超高气体透过膜包装技术，另外还有冷藏气调包装技术以及薄膜、辐射等。其中冷藏气调包装技术虽然有很大的优越性，但由于需降温设备及存在低温障碍及细胞质冰结障碍，因此推广使用受到了局限。而在常温条件下的保鲜包装技术则将会得到发展。
日本脱水保鲜包装技术是采用具有高吸水性的聚合物与活性炭置于袋状垫子中，通过吸收马铃薯呼收作用中放出的水分，起到调节水分的作用，同时可吸收呼吸产生的乙烯等气体，以及吸收腐败的臭味，可防止结露；另外一种是采用SC薄膜，它同时具有吸收乙烯和水蒸气的功能，能防止结露，又可调节包装内O2T和CO2的浓度，还具有一定的防腐作用。SC薄膜透明性好，价格便宜，可防止马铃薯由于水分蒸发和微生物作用而发蔫、腐败；SC薄膜伸缩性好，不易破裂，能长期稳定使用，保鲜效果很好。
美国研究的超高气体透过膜，可使足够的氧气透过，从面而避免无氧状态发生，达到最佳的气氛控制，起到保鲜的作用。
马铃薯的最佳贮藏温度为1-3°C，而常温在18°C以上，故仅仅利用瓦椤纸板的隔热性无法达到这种要求，因此，我们可对瓦椤板的隔热进行一些处理。世界先进国家采用的方法有：在纸箱外表面复合蒸镀膜反射辐射；在瓦椤纸板中间使用发泡苯乙烯，提高隔热性（降低热传导糸数）；另外就是使用蓄冷剂。蓄冷剂通常为烷糸和石油糸的凝胶液体，密封在薄膜袋或吹制成的塑料容器中，它可吸收周围环境中的热量，降低温度，使马铃薯保鲜包装保持在一定的澌湿度，延长保鲜贮藏期。并且它可以反复使用，还可以调节蓄冷剂的用量，制成可调式保鲜包装冷藏箱。还采用一些办法对马铃薯进行处理，以提高马铃薯保鲜包装的效果。如：
（1）辐射处理。美国专家的试验，应用60钴射线同位素处理马铃薯，能使马铃薯的贮藏期明显增长，一般辐射的安全剂量为1-2万伦琴，出芽率降低90%以上（从21.4%降低到1.05%），损伤与腐烂降至1-2%（对照为4.1%）；而且保鲜贮藏温度可明显提高，一般增加10°C左右，甚至在常温（20°C-26°C）条件下也能取得好的保鲜贮藏效果。辐射处理能使马铃薯块茎生长点的生长素的合成遭到破坏，呼吸作用减弱。
（2）涂膜处理。即采用含有成膜剂，防腐剂等的溶液（涂液）对马铃薯进行处理，使之在马铃薯块茎表面形成一层薄膜状物质，既能增加马铃薯的微生物侵染和生理性病害产生良好的效果。马铃薯处理常用的防腐剂有苯诺米尔、噻苯咪唑、萘乙酸乙酯等。
（3）严格选剔，适时采收。为了提高马铃薯的保鲜包装效果，应确立适当的采收时间，如秋薯应在早霜来临前的十一月上旬收获，而不能遭受到霜冻。采收应在土壤适当干燥后进行，刚采集的薯块，外皮柔嫩，应放在地面晾晒1-2小时，待表面稍干后收集；而夏季的晴天则不能久晒，收后就应收藏在阴处。贮藏前应严格剔除病变、虫咬、损伤、雨淋、受冻、开豁以及表皮有麻斑等不良的薯块。
（4）包装材料、包装容器和库房里。都存在大量引起马铃薯烂质的微生物，微生物的入侵会影响保鲜贮藏效果。因此，一定要做好包装和库房消毒，这是防腐减损的重要措施。
