芹菜具有吸肥能力低和耐肥力强的特点，对土壤肥力要求较高。施肥量过少，不仅不能正常生育，而且品质也不好。不同的肥料种类对芹菜生育影响不同。氮主要影响地上部的发育，即叶柄的长度和叶数的多少。磷肥主要影响品质，过多时叶柄细长、纤维素多。充足的钾肥有利于叶柄的膨大，提高产量和品质。此外，芹菜需硼较多，缺硼或由于高温、低温、干旱等原因使吸硼量受到抑制时，叶柄易发生“劈裂”，出现茎折病，因此，生产上应及时补施硼肥或叶面喷施多元微肥。
在芹菜幼苗期充分吸收氮和磷；可以提高光合作用能力，积累的干物质多，有利于叶面积的扩大。在定植以后，叶片分化旺盛，根系吸收肥水能力逐渐增强，提高了叶片中氮素的浓度。在芹菜生育中期，叶面积继续扩大,达到了最适叶面积系数，促进了心叶发育。这时养分的吸收从氮、磷为主变为以氮、钾为主，氮与钾的比例平衡时，有利于心叶的发育。如果钾素不足，则叶柄细长，筋粗。但钾素过多也容易发生茎基部纵裂症，干旱和低温时症状加重。氮素不足会使生育受到抑制，收获时植株矮小，叶柄老化而中空,商品价值降低。每生产1000公斤芹菜需要吸收氮（N）1.83~3.56千克、磷（P）0.68~1.65千克、钾（K）3.88~5.87千克、钙（CaO）1.5千克、镁（MgO）0.8千克，其吸收比例为1：0.43：1.8：0.56：0.3。实际的施肥量要大于吸收量的2~3倍，因为芹菜吸肥能力差，要在含肥量较高的土壤中才能充分吸收养分。
