苗期染该病后，其症状变化大，幼叶为紫铜色上卷，后形成许多小黑斑，叶片背面脉紫色失绿，有的生长点死掉，茎秆产生退色条斑，病株仅半边生长或完全矮化或落叶呈萎蔫状，发病早的不结果。此症状很容易和条斑病毒混淆。番茄在结果期染病，果实表面出现退绿凸起环斑，轮纹不明显，或呈瘤状突起的褐色坏死斑，可造成病果脱落。如果坐果后染病，果实上出现褪绿环斑，绿果略凸起，轮纹不明显，青果上产生褐色坏死斑，呈瘤状突起，果实易脱落。成熟果实染病轮纹明显，红黄或红白相间，褪绿斑在全色期明显，严重的全果僵缩，脐部症状与脐腐病相似，但该病果实表皮变褐坏死别于脐腐病。
对番茄斑萎病毒病应对症下药、科学防治、否则就很难得到有效防治。为此，很多菜农对番茄斑萎病毒病头疼不已，番茄斑萎病毒病是通过植物寄主间自然传播，可通过汁液、种子传染。也可通过刺吸或害虫，如蚜虫、飞虱、蓟马传播，同时，高温、干旱也利于发病。病毒接种多在番茄叶表细胞浅表皮吸食时获取，一般经4天潜育即发病。目前还没有对该病毒直接有效的防治措施，最好是选用抗病品种，再就是与非茄科作物轮作或采取大中棚育苗，培育健壮秧苗。田间作业注意洗手，减少人为传播。防治刺吸式害虫、加强农事等措施进行防控。番茄苗期和定植后要注意防治蓟马，蓟马获毒后需经一定时间才传毒，因此使用杀虫剂治虫防病有效，喷药时最好喷到茎基部把生活在根际部的蛹杀灭效果更好。在棚室防治用15%异丙威熏蒸杀虫，每亩用250克，同时铲除杂草；棚室内可悬挂黄色粘虫板防控，培育壮苗，拔除病株；番茄定植后，发现刺吸式害虫，及时用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液防治，也可用25%阿克泰水分散粒剂1500倍液喷雾防治，喷药时最好喷到茎基部，以杀灭根部幼虫和蛹。用20%吗啉胍？铜300倍液防治，或用香菇多糖300倍液防治，对番茄花叶病毒病、斑萎病毒病均有一定效果。
