因为佛手瓜每亩种植株数少，亩产量是以单株产量为基础，施肥也是对单株施用肥料，肥料撒施、大水冲肥的施肥方式，肥料利用率低，浪费严重施肥方式与苦瓜相同，应采用集中施肥的方式，这样既利于作物吸收，又可提高肥料的利用率。
一般佛手瓜根系较发达，但根系分布浅，土层内其横向可达1~2米。施肥应在浅土层内，施入过深，会造成肥料利用率低。同时应注意氮、磷、钾合理配比，以提高佛手瓜的产量和质量，切不可偏施单一肥料，尤其是氮肥。佛手瓜生长期比较长，在生长期内应保证养分供应；开花坐瓜期对肥料吸收量最大，应及时追肥，满足其生长结瓜对养分的需求。
