防治方法针对不同的致病原因，采取相应的防治方法。
1.综合协调环境因子：综合调控耳房内的温度、湿度、空气和光照四大环境因子，保证黑木耳菌袋能在适宜的环境条件下健康生长，抵御外来的杂菌污染。
2.加强采收期管理：黑木耳应及时采收，采收时，掀开草帘，让阳光照射，使子实体水分下降、适度收缩’采收时不易破碎，容易连根拔下。无残留耳根，避免杂菌滋生。采收后应停水2～3天，再进行下茬耳的管理。
3.曝晒草帘：草帘要定期曝晒和消毒，防止潮湿发霉。必要时，床面也应彻底地晾晒杀菌。
4.菌袋晾晒：采耳后，菌袋要晒3～5小时，使采耳处干燥，也能起到应有的杀菌作用。但要防止温度过高或光照太强灼伤菌袋。晒完的菌袋，盖上晒干的帘子，养菌7～10天。
