杂菌出耳期侵染的杂菌，主要是各种霉菌。其危害最大的是木霉，约占90%以上。其次是青霉、曲霉、链孢霉、根霉和毛霉。
(1)木霉，初期菌丝体为白色菌斑，逐渐变成浅绿色，最后变成深绿色、墨绿色，发臭松软;子实体被污染后，会导致腐烂。
(2)青霉，与木耳菌丝相似，后期转为绿色、蓝色或灰绿色。形成大小不等的菌块，主要危害菌丝，子实体被侵染后，引起霉烂。
(3)曲霉，可出现黑、黄、棕等颜色。多侵染培养料表面，与菌丝争夺营养，并有一股刺鼻的臭气，子实体被侵染后，造成烂耳。
(4)链孢霉，产生大量桔红色粉状孢子。传播快，侵染菌丝，破坏养分。(5)毛霉和根霉，二者的形态及生理要求相似，菌丝呈灰白色，2～3天后，菌丝顶端出现肉眼可见的黑色颗粒(即孢子囊)。危害菌丝体。各种霉菌的侵染，一般发生在采收头茬耳后的耳根部位。
应采取的防治措施是：
(1)选择高产抗病菌种。
(2)保证很好的出耳环境。选择郁闭度适中、空气新鲜，通风良好、不受粪便垃圾污染的场所。
(3)同一场地最好不要连续栽培。如条件不允许，场地要彻底消毒。
(4)加强管理，在高温高湿的条件下，要注意做好通风降温和排湿工作。
(5)适时栽培和采收，以当地平均气温在10℃以上就可以摆袋。
(6)发现被霉菌污染的菌袋，应挖去受害部位，用5%的石灰乳剂抹斑，也可以用40%的甲醛液及各种有效药物处理，然后隔离培养。对污染严重的，要及时用废报纸包好，尽快深埋或烧毁。决不能丢弃场地附近，造成新的污染。
