1、选播无病种子。选择地上部分不带病的母株栽植育种，并不与芹菜连作或邻作，搞好田间清洁和喷药保护，采收无病种子。根据种内病菌只存活1年左右的特点，选播2年以上的陈种，可减少发病或不发病。
2、搞好种子处理。用48℃的温水浸种30分钟，浸种过程中要不断搅动以使温度分布均匀，取出晾干后播种。温汤浸泡的种子在播种时须增加10%的种子用量。
3、加强栽培管理。施用充分腐熟的农家肥；在高温时期，不宜追施稀粪肥，应改施化肥。灌水宜小水浇润，忌大水漫灌，抓好通风排湿工作，夜间要加强保温管理。注意及时清理病株残体，以减少菌源。
4、及时喷药保护。当芹菜苗高3厘米左右时就开始喷药保护，每隔7-10天喷一次，连喷2-3次。常用药剂有70%代森锰锌可湿性粉剂或58%瑞毒锰锌可湿性粉剂500倍液、75%百菌清可湿性粉剂600倍液、50%多菌灵可湿性粉剂或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液。药剂宜交替使用。
