小麦纹枯病的药剂防治应以种子处理为重点，重病田要辅以早春田间接力喷药，可采用两种防治模式，有效控制该病为害。
对于种植感病品种和早播发病重的麦田，秋播时用粉锈宁拌种，用药量为干种重量的0.1%～0.15%因拌种后会影响发芽率每50公斤种子加进75毫升赤霉素起到逆转的作用也可以加进增产菌10克混配拌种可有效地控制纹枯病的发生并能兼治其它土传病害和苗期锈病、白粉病。如据天气预报春季雨水多，纹枯病有大发生的趋势，对于重病田，可在小麦起身期喷一次井岗霉素。
对于晚播未拌种的麦田，如果田间病株率为10%或病情指数达2～3级时，在小麦起身期，每亩用井岗霉素8～10克，兑水50～60千克，喷麦苗基部，7天后再喷第二次。孕穗期每亩用粉锈宁10～15克兑水120千克喷雾。如果病虫同时发生可采用与防治麦蚜、粘虫的农药混用，便可达到兼治的目的。
