棚室辣椒极易发生根部病害，如根腐病、青枯病和疫病，造成植株成片枯死。对这些根部病害应及早采取措施加以防控。
一、主要症状
根腐病：一般在辣椒定植后至采果盛期发生，染病植株的枝叶白天发生萎蔫，傍晚至次日凌晨恢复，反复多日后导致整个植株枯死。病株的根及根茎部皮层呈浅褐色至褐色腐烂，易剥离，多由侧根蔓延至主根。
青枯病：是一种细菌性病害。苗期症状表现不明显，定植后从主根基部开始逐步枯死，根茎的表层不变色，纵切根茎部维管束变成暗褐色。
疫病：染病后植株根茎部初呈水渍状，后变黑褐色很快绕茎一周，病部稍缢缩，造成整个植株萎蔫枯死。在为害根茎部的同时，还为害植株的枝权，一般表现为褐色或黑褐色条形病斑。
二、发病条件
根腐病、青枯病和疫病均经过灌水、施肥等田间操作传染。老棚室和连年重茬栽培的，因土壤中病菌含量不断增加，发病加重。棚室内通气不良，高温高湿有利于病害发生。特别是灌水和培土后，、土壤板结，根部通气不良时，会加速病害发生。
三、防治方法
1．合理轮作。前茬以十字花科和豆科作物以及葱、蒜等蔬菜为宜，尽量避免与茄果类、瓜类等蔬菜连作，以有效阻断发病源。
2．加强棚室管理。(1)做好棚室的通风换气，调节好棚室内的温度和湿度，以控制病害发生条件。{2)科学浇水，提倡小水浇灌或膜下滴灌，切忌大水漫灌，严防土壤积水。(3)做好浅中耕，避免土壤板结，但不要过早过深培土。(4)施肥以有机肥为主，增施磷、钾肥，促进根、叶稳健生长，增强植株抗性。
3．清洁田园。一旦发现病株要及时拔除，带出棚外集中烧毁或深埋，随即清除病穴土壤，喷灌石灰水或药剂对病穴进行消毒处理。
4．药剂防治。对辣椒根部病害要早发现、早防治。
根腐病：可用50％多菌灵可湿性粉剂600倍液或50％甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液或绿亨二号500倍液灌根，每次每株灌0．5千克，7天1次，连续3-4次。
青枯病：可用70％代森锰锌500倍液或75％百菌清可湿性粉剂600倍液灌根，每次每株灌0．5千克，？天1次，连续3-4次。
疫病：可用50％甲霜铜可湿性粉剂500倍液或50％甲霜灵锰锌可湿性粉剂500倍液或72,2％普力克水剂600-800倍液灌根，每次每株灌0．5千克，7天1次，连续3-4次。
