葱秧在生长期间，常有一些病、虫为害。主要的病害有紫斑病、霜霉病和枯萎病，主要的虫害有地蛆和潜叶蝇。其防治应采取农业防治、生态防治、生物防治、化学防治等综合防治措施，其方法有：a、实行严格的耕作制度，要进行合理轮作，避免连作。b、选用高抗品种和多抗品种，并对种子进行消毒。c、坚持清除田园内的枯枝落叶和田埂杂草，前茬作物收获后，对土壤进行深翻晾晒。d、必须根据国家对绿色食品生产的有关规定基础上搞好药剂防治，科学选择农药，安全施用农药，大力推广应用生物源农药、动物源农药、植物源农药、矿物源农药和高效、低毒、低残留化学农药。按照国家无公害食品生产标准，限制使用菊酯类中等毒性化学农药，严禁使用有机磷类、砷类制剂等高毒、高残留及致癌、致畸和慢性中毒农药，用药不要单一，要合理轮换，配合用药。并注意收获前15天至20天不能用药。
