水稻恶苗病以带菌种子为主要初侵染源，防治上主要是进行种子处理，方法有：
1、抗菌剂浸种，用10%401醋酸液1000倍或80%402乳油8000倍液浸种2天（粳稻浸种时间为3天左右），有杀菌和催芽作用，以上处理不必换水，处理后取出直接催芽。
2、福尔马林闷种或浸种：稻种先用冷水预浸（以吸饱水分而未露白为宜），取出稍晾干后进行处理。闷种：将稻种浸入2%福尔马林液中20-30分钟后取出堆放，用塑料薄膜或草席覆盖3小时取出用水洗净再浸种催芽。浸种：将预浸后的稻种浸入2%福尔马林液中3小时，取出后用水洗净再浸种催芽。
3、温汤浸种：用55℃温汤浸种30分钟，灭菌效果较好。
4、药剂浸种：50%福美双可湿性粉剂1500倍液或50%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液等浸种，浸种时间控制在2-4天。温度低时，浸种时间适当延长；返之，适当缩短。
5、石灰水或硫酸铜液浸种：用0.5%-1%石灰水或0.1%硫酸铜液浸种2-3天，防病效果也较好。
