我国小麦中后期的主要病害有：锈病(条锈、叶锈)、白粉病、赤霉病、纹枯病、全蚀病、黑穗病、根腐病、叶枯病、颖枯病、细菌性条斑病等。在防治上注意如下技术要点：
中后期病害防治要严格遵循“准确监测、带药侦查、发现一点、防治一片”的策略，“打点保面，降低菌源基数、减缓流行速率”，采取“一喷三防”措施，开展大面积专业化防治。具体操作时，力争达到规范化防控，即定人、定点、定时进行监测;统一采购、统一供应、统一配制、统一施药进行防治。
“一喷三防”技术指的是将杀菌剂、杀虫剂、植物生长调节剂(如微肥、抗旱剂等)混配，一次喷药可以达到防病、防虫、防倒伏(防干热风、防早衰)“三防”效果。但需要注意的是严格按照农药复配、混配原则进行，“一喷”也要因病虫害而异。比如，防治锈病力争做到“早发现、早预警、早防治”，药剂可用三唑酮或烯唑醇，按标签说明兑水30-50公斤进行全株喷雾，每隔5-7天喷一次，共喷2-3次。
防控时期也是关键，一定在病害发展达到防治指标时用药，其中小麦条锈病的防治指标是病株率达10%或病叶率达5%。小麦白粉病防治指标是穗期病株率达60%以上、个别病株旗叶开始出现病斑，但对于高水肥麦田，尤其是常发区的感病品种田块，要及时对发病点片进行挑治，以控制其蔓延。
赤霉病是一种典型的气候型病害，若在小麦抽穗扬花期遇有3天以上连阴雨天气，气温在15℃以上，就会造成大流行，应立即进行小麦赤霉病预防。小麦赤霉病与吸浆虫、麦穗蚜的防治，最佳防治适期同属一个时期，即小麦抽穗至扬花盛期，可采取“一喷三防”措施，用烯唑醇或多菌灵或甲基托布津，加菊酯类农药或氧乐果，再加二氢钾，按标签说明用量兑水30-50公斤，于傍晚或黎明针对穗部上下10厘米处喷药，每隔3-5天喷一次，共喷2-3次，也可选用氰烯菌酯按说明喷雾防治。
