西瓜菌核病发病以大棚和温室较为严重，从苗期到成株期均可感染，严重影响西瓜产量。
1、轮作与土壤处理：
实行与禾本科作物隔年轮作，或在西瓜拉秧后进行1次50－60厘米的深翻，将菌核埋入土壤深层，使其不能萌发或子囊盘不能出土。还可以配合药剂处理：
（1）在西瓜定植前每667平方米施40％五氯硝基苯粉剂2千克。
（2）带药定植，即定植前在苗床喷25％粉锈宁可湿性粉剂5000倍液。药剂防治用药最佳时间为开花初期或刚发现中心病株时。
（3）沿海地区春大棚西瓜6月底清田后接茬栽插水稻，菌核在水中1个月就会腐烂。
2、种子处理：
种子消毒，用50℃温水浸种10~15分钟可杀死菌核。
3、农业防治：
摘除病、黄、老叶，改善田间通风透光，降低棚内湿度，以抑制传病和流行；应多施基肥，增施磷钾肥，防止植株徒长和增强抗病力等，阴雨天要避免浇水，前期少浇水等均有一定防效。
4、药剂防治：
药剂可选用25％粉锈宁可湿性粉剂3000倍液或50％速克灵可湿性粉剂1000倍液。以后视病情发展每隔7－10天喷一次50％多菌灵可湿性粉剂300－500倍液，或70％甲基托布津可湿性粉剂800－1000倍液。施药部位重点在植株基部老叶及地表。
