一、防止徒长苗：徒长苗的特征是瓜苗在短期生长快，子叶真叶薄大色淡，下胚轴细长，根系小而细弱。主要是高温、高湿、光照不足、氮肥过多、炼苗少等因素所致。应针对具体原因结合苗床管理要求进行预防。
二、防止弱苗、僵苗：育苗时间很长，但瓜苗出叶慢，苗小叶少，叶发黄，下胚轴纤细，根系小而少，为低温、床土干燥、缺肥等所致。因播种过深所致的，应及时去掉原覆盖土和板结土块；因播种过浅所致的，要及时培土；因低温或浇水过多所致的，应及时中耕松土，增温降湿；因土肥不适所致的，应加强土肥管理；因蚯蚓、蚜虫等所致的，应及时用药防治。
三、防止戴帽苗：南瓜种子在发芽过程中，时常出现种壳不易脱落的“戴帽”现象，需人工剥除，否则会影响子叶的发育和瓜苗的生长。造成“戴帽”的原因是覆土较浅，泥土干、松。为防止出现戴帽现象，可在种子翻身将要出土前增加一层覆土，以助种壳脱落。
