水稻潜叶蝇的天敌资源丰富，具有利用价值的就达10多种，在施药防治时尽可能地避免施用广谱性的化学农药。
1.清除杂草。在春秋两季清除田边沟边杂草，减少虫源，可减轻潜叶蝇的危害，本田潜叶蝇危害采用晒田或潜水灌溉，可起到防虫作用。
2.化学防治。苗床喷药带药插秧，在水稻插秧前2～3天，用40%乐果乳油15毫升/100平方米喷施，或3%莫比朗1000倍液；稻田根据插秧后稻苗上虫情调查，决定防治适期，每公顷用40%乐果乳油1125～1500毫升加水喷雾，或40%敌百虫晶体1500～2250克加水喷雾。最多使用3次，安全间隔期不少于7天。
