马铃薯种植对于马铃薯土传病害的防治，近年来相关科研院所已研究获得了很多行之有效的防治技术，总体而言，采用播种沟施土壤消毒+种薯药剂拌种+苗期药剂喷施的综合防控措施，可获得较好的防治效果。此外，土壤深翻和生物制剂的应用对防治某些马铃薯土传病害也取得一定的作用。化学病菌处理主要方法及其毒副作用：
（1）溴甲烷等土壤熏蒸剂、福尔马林等土壤消毒剂，会影响土壤肥力，杀灭有益微生物。
（2）苯来特、多菌灵和甲基托布津易被土壤吸附而药效降低，对有益微生物有杀灭或抑制作用。
（3）五氯硝基苯是良好的土壤杀菌剂，但其有致癌及高残留缺点。生物制剂在土传病害防治中的应用在实际生产中要尽量避免以上情况的引发的毒副作用，可通过施肥中添加有益微生物来防治土传病害，如木霉菌、地衣芽孢杆菌、蜡质芽孢杆菌、宁南霉素等在土传病害的生物防治上正逐步得到广泛应用。使用生物菌肥含有多种有益微生物，可在施用化肥或有机肥时配合施用，有改善土壤环境，控制土传病害，增加产量的功效。
