麦茬大葱的主要病害是紫斑病、葱锈病、软腐病等；主要的虫害是葱蓟马、潜叶蝇、甜菜夜蛾等。
1、紫斑病主要为害叶和花梗。初呈水渍状白色小点，后变淡褐色圆形或纺锤形稍凹陷斑，继续扩大呈褐色或暗紫色。温暖多湿的夏季发病重，老苗、缺肥田块发病重。
2、葱锈病主要为害叶、茎、花梗。初呈橙黄色或黑褐色疮斑，后散出橙黄色或暗褐色粉末。气温低的年份、肥料不足及生长不良发病重。
3、大葱软腐病由细菌引起，高温高湿、机械伤、虫口伤容易引起病害流行。病害症状为大葱地上部分倒伏，容易拔起，茎下部腐烂，并有恶臭。
4、葱蓟马：成虫体长1.2—1.4毫米，为害葱的心叶、嫩芽，叶上出现小白斑。
5、潜蝇：以幼虫在叶肉组织内蛀食，啃食叶肉，造成减产和品质下降，同时又传播病害。本地区在5月中旬至10月底均有危害。
6、甜菜夜蛾，5%甲维盐防治。
