保护地种植辣椒的疫病多从根颈部侵入，病部黑褐色并出现凹陷或萎缩，病斑可围茎，造成根部死亡和植株凋萎。具体来说，大棚内病菌主要由灌溉水传播，发病中心多形成于棚室低洼积水、土壤黏重或棚膜漏雨处。影响发病程度的最主要因素是土壤湿度。土壤含水量越高，发病越快越重，特别是大水漫灌，辣椒根颈部浸没水中，极易造成毁棚。
大棚辣椒疫病防治在育苗及栽种过程中均不容忽视。要超前预防措施苗床灭菌，预防苗期疫病。
育苗前，每平方米用50%多菌灵10克拌20公斤配好的苗床土，将2/3药土施于苗床，另1/3用以覆种。
栽培中，种植户也要重视防病，实行高垄栽培。具体而言，高垄底宽90厘米，顶端为50厘米，沟底宽20厘米，双行栽苗于高垄两侧上部。
防止灌水量过大，严防大水漫灌，不使植株基部接触水，以保持地面见干见湿为宜。
药剂防治注意几个时间节点：一是定植前，每亩用25%甲霜灵可湿性粉剂0.5公斤，兑水70公斤消毒土壤；二是定植后用药液喷洒和灌根。前期在发病前喷洒植株茎部和地表，防止初侵染；生长中后期，特别是田间发现中心病株后，应及时喷洒并灌根，以封闭发病中心，每周1次，连续防治2-3次。药剂可用50%甲霜铜可湿性粉剂800倍液，或58%雷多米尔可湿性粉剂500倍液。
