菠菜枯萎病菌主要随植株病残体在土壤中或种子上度夏或越冬。种子可带菌，未腐熟的粪肥也可带菌。病菌可随雨水及灌溉水传播，从根部伤口或根尖直接侵入，侵入后可到达维管束。在维管束中，病菌产生有毒物质，堵塞导管，导致叶片萎黄枯死。高温多湿有利于发病；土温30摄氏度左右、土壤潮湿、肥料未充分腐熟、地下害虫多、线虫多易发病。
防治方法：
1、与葱蕊类、禾本科作物实行3-5年轮作，避免连作。
2、应因地制宜选用抗病品种，播种前应用新高脂膜拌种（能驱避地下病虫，隔离病毒感染，提高种子发芽率），同时应及时清除前茬作物残株落叶，带出田外深埋和烧毁；并向地面喷施消毒药剂加新高脂膜800倍液对土壤进行消毒处理；适时播种，随即用新高脂膜喷施表面保温保墒，防治土壤结板，提高出苗率。
3、施用日本酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥，并采用配方施肥技术，提高寄主抗病力。
4、抓好肥水管理，当增施磷钾肥，避免偏施过施氮肥，适时喷施叶面肥加新高脂膜使植株早生快发；适当浇水，勿使田土过干或过湿，雨后注意清沟排渍降湿；在菠菜生长阶段适时喷施壮茎灵，使植物杆茎粗壮、叶片肥大，提高菠菜抗病力，减少农药化肥用量，降低残毒，提高菠菜天然品味。
5、采用高畦或起垄栽培，雨后及时排水、严禁大水浸灌。
6、发现中心病株及时拔除，病穴及四周淋50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，40%多硫悬浮剂500倍液，或10%治萎灵水剂300-400倍液，隔半个月喷一次，连续2-3次。
