辣椒软腐病主要危害果实，特别是虫蛀果上发病率很高。果实发病，初为水渍状暗绿色，外观看果皮整齐完好，后期变褐色，果实内部腐烂发臭。失水后干缩，果皮变白色，茎叶发病后腐烂、发臭。病果多数脱落，少数留在枝上，失水以后仅留下灰白色果皮，挂在植株上。
防治措施：首先轮作倒茬，应与非茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。及时清洁田园，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋，并及时全园喷施护树大将军进行消毒杀菌。适时定植，合理密植。雨季及时排水。适当追施磷钾肥或叶面喷施辣椒壮蒂灵可激活植物生态生长正能量，拓宽植物导管路径，提升植物吸水吸肥力度，提升果实产量和质量，降低落果率，减少裂果、僵果、畸形果发生率。防治棉铃虫等蛀果害虫蛀果害虫会在果实上造成伤口，引发病害，可用5%功夫乳油5000倍液配合新高脂膜500倍液进行喷施防治，可屏蔽害虫嗅觉，抑制病菌复制，降低其抗药性和用药量，提升农药效果。
