芹菜主要虫害是蚜虫，可用康福多喷杀。病害有斑点病、霜霉病、斑枯病等真菌性病害及细菌性软腐病等，综合防治方法如下：
实行轮作，并加强各项栽培管理，收获后清除残株病叶，喷施喷施护树将军杀菌、消毒、减少病菌源。
采用抗病品种，培育壮苗。对于芹菜斑枯病、斑点病，除加强种子检疫工作外，可采用48℃温水浸种30分钟，浸种时不断搅拌，浸后立即投入冷水中降温，播种时新高脂膜拌种，能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率。
对软腐病的防治，应做好雨后排水工作，发病后暂时控水，降低土壤湿度；培土宜用生土或净土，选择晴天无露水时进行，并注意避免操作引起伤口，减少侵染机会。
药剂防治参考其它蔬菜有关方法。
芹菜特别是西芹，采收时间长，可根据市场需求分批采收。一般采用隔行采收，未采收的植株能够继续生长。
