棉花苗床管理的关键是掌握好温度和湿度，使棉苗健而不老，壮而不旺，子叶肥大，叶厚色深，白根露钵，真叶３～４片。在管理过程中严把五关，可达上述标准。
三湿播种关。一是湿钵。棉种发芽需要足够的水分，播种前应做到充分湿钵，即将钵体泼足泼透水分。二是湿种。将种子浸泡３～４小时（使用药剂包衣的种子例外），清淘后用０．５％稻脚青搓种。三是湿土。播种盖土后用１﹕２００倍多菌灵或１﹕１０００倍稻脚青溶液喷洒钵土和盖籽土，以利消毒灭菌，增加盖籽土的水分。再用低拱地膜密封保温，直至齐苗。
揭膜晒钵关。齐苗后，一般在晴天上午９时左右揭膜晒钵。钵体不发白，一般不需浇水。下午４时覆膜保温。揭膜时注意应在膜内温度与外界温度基本相等时，方可全部揭膜。晒钵时间的长短，要因苗和气候而定，即揭多揭少看温度，晒长晒短看红茎。做到雨不淋床，暖床过夜，苗不离床，膜不离地的管理要求。移栽前５～７天需要昼夜揭膜炼苗，如遇低温寒潮天气，仍要盖膜保温防冻。
防治病害关。播种后膜内温度保持３０～３５℃，出苗８０％时保持２０～２５℃。如遇高温天气，可揭开两头通风、散热、散湿，防止因高温高湿孳生病菌而死苗。间苗后用波尔多液或１﹕２５０倍多菌灵或１﹕５００倍稻脚青溶液防治苗病，５～７天后再重喷一次。苗床四周沟路要明朗，以利滤水降湿，防治病害。
搬钵蹲苗关。为防止高脚苗，培育矮壮苗，缩短大田缓苗期，在移栽前１５～１８天选晴好天气，搬钵蹲苗，控上促下，使棉苗多发侧根。搬钵时应将苗的大小、强弱分开摆放，并填土浇水，补充养分。
适龄移栽关。４月底到５月初，出苗３０～３５天，真叶３叶左右时抢晴爽天移栽。
