赤霉病病菌一般在小麦开花至盛花期侵染率最高，抽穗期次之，乳熟期病菌侵染率明显降低，糊熟期后病菌基本不能侵入。防治小麦赤霉病的最佳时期为初花期（扬花株率5%～10%），生产上可以掌握“见花就打”的施药原则，田间有小麦开始开花就用药防治。小麦抽穗扬花期阴雨天多或品种易感病，在首次施药后间隔5～7天再防治一次。小麦抽穗期如果阴雨天多，赤霉病有流行趋势，喷药宁早勿晚，不能等到天晴时或小麦扬花时再喷药，应抢雨前或雨隙多次喷药防治，使用内吸性好、持效期长的农药首次施药时间可以提前到小麦抽穗初期。
适用于防治小麦赤霉病的药有氰烯菌酯、戊唑醇、多菌灵、甲基硫菌灵、咪鲜胺、烯肟菌酯等。在赤霉病病菌对多菌灵产生高水平抗性的地区，宜换用氰烯菌酯、戊唑醇等药及其混配剂防治。从生产上应用的情况看，氰烯菌酯单剂（劲护）及其与戊唑醇、己唑醇的混配剂劲兴48%氰烯戊唑醇悬浮剂、实粒20%氰烯己唑醇悬浮剂，戊唑醇与多菌灵、咪鲜胺的混配剂戊唑多菌灵（龙灯福连等）、戊唑咪鲜胺（赞米尔等）等药，是防治小麦赤霉病的高效药，适期足量使用对小麦赤霉病有良好防效。生产上可以优先选用这些药防治小麦赤霉病。注意用足药量和水量，重点对准小麦穗部均匀喷雾。
