基星韭菜的主要病害是锈病，发病高峰期在3-5月和9-11月。发病初期可喷施20％粉锈宁乳油3000倍液，每隔5天喷1次，连喷3次，防治效果达80％以上。基星韭菜的主要虫害是韭菜潜叶蝇，为害高蜂期在4-6月和9-11月，在初见短蛀道时用18％杀虫双150倍液喷杀低龄幼虫，每隔5天喷1次，连喷2次，可抑制其为害。化学除草：春节后回暖时往往是草籽发芽期，应及时用60％丁草胺500倍液喷洒地面，若有少量发芽成禾本科杂草，应在分蘖期前用6.9％威霸浓乳剂1000倍液喷洒。因这两种化学除草剂对阔叶草及某些杂草无效，故要安排劳力及时清除化学除草后遗留的活草。
