用“二开一凉”温水（55-60℃）浸种半小时，或用70℃恒温干热灭菌72小时，可消灭棉种短绒带菌，效果很好。
化学防治
种子消毒：
1、40%多菌灵胶悬剂100—200倍液浸种24小时捞出晾干播种，
2、取比重为1.8上下的硫酸放入砂锅等容器中加热到110-120℃，按1：10的比例慢慢倒入棉籽中，边倒边搅拌，等棉籽上茸毛全部焦黑时，用清水充分洗净，然后再用80%的抗菌剂402，用量为种子重量的2.5-3倍加热至55-60℃后浸泡棉籽30分钟，可有效地杀灭棉种内、外的枯萎病和黄萎病病菌。也可用50%多菌灵可湿性粉剂l0g溶在25ml的10%稀盐酸中，对水975ml，再加0.39平平加（棉纺用渗透剂，也可用海欧牌洗涤剂替代）配成1000ml药液，再按每5kg棉种用药液17.5-20kg于室温下浸种24小时。还可把多菌灵配成0.3%悬浮剂于室温下浸种14小时。
土壤消毒：
1、铲除零星病区、控制轻病区、改造重病区。对病株超过0.2%的棉田采取人工拔除病株，挖除病土，或选用16%氨水或氯化苦、福尔马林、90%-95%棉隆粉剂等进行土壤熏蒸或消毒。一般在6-7月发病高峰期以病株为中心，每m2内打深为20cm的孔25个，每孔中灌入氯化苦5ml共125ml，边灌边覆土踏实、泼水，防其蒸发，再用粗二二乳剂120倍液或含氨16%以上的氨水1：9溶液5L进行铲除，可消灭病点中的枯黄萎病菌，一般每m2病点灌药液45L。也可用90%-95%棉隆每667m2用有效成分3.6kg处理土壤。9-10月第二发病高峰期，均匀注入氯化苦原液90ml，能收到显著效果。对病株在0.2%-5%的轻病田主要采用种植无病、抗病或耐病品种基础上，采取无病土精加工棉种育苗移栽，可控制该病发生；开沟排渍，降低地下水位，增施磷、钾肥提高抗病、耐病能力，清除病残体。病株在5%以上的重病田，主要靠种植抗病、耐病品种及轮作等有效途径。
2、用3%米乐尔或5%紫丹或10%克线丹或3%护地净或3%地下伏手颗粒剂1份+50%多菌灵或70%甲基托布津可湿性粉剂1份+干细土（30-50）份，拌匀后做播种后的覆盖土，或移栽前穴施。
