一、种植使用高抗病品种，是充分发挥品种遗传抗病性，控制棉花病害最经济有效和最安全的措施。主要抗病品种有冀棉669、冀棉653、国欣3号、鲁棉21、冀杂566等。
二、做好检疫工作，保护无病区，禁止从病区调种进入无病区，严防病区扩大。
三、实行水旱轮作，有条件的棉区可实行与水稻轮作，土壤在淹水缺氧的状态下，易使微菌核死亡，减轻发病。由于病原的寄主范围较棉枯萎病更广，并有大量杂草寄主存在，因此在轮作时必须清除田间杂草。
四、棉花不偏施氮肥，做好氮、磷、钾肥合理搭配，提高抗病力。改善棉田生态环境，及时中耕除草，防止棉田湿度过大，忌大水漫灌。
五、棉花种子用0.5%os-施特灵40倍液、或9.5%克黄枯60倍液、或0.2%抗菌剂402药液在55-60℃下浸种30分钟后播种。
六、用3%广枯灵500倍液水剂喷苗床，进行苗床消毒。
